Официальных данных относительно потерь гражданского населения в Афганистане нет, а оценки независимых организаций сильно расходятся. Основную критику со стороны правозащитных организаций вызывают излишне активные авиационные удары ISAF при недостаточно тщательном выборе целей.

Согласно Marc W. Herold’s погибло больше 3600 человек во время американских бомбёжек.

Известно несколько случаев массовой гибели мирных жителей от международных войск

4 августа 2007 года: Мазари-Дини: более 200 погибших 6 июля 2008 года: Ка Чона: 47 погибших 26 августа 2008 года: Асисабад: 90 погибших 4 мая 2009 года: в результате авианалёта в провинции Фарах погибло, по афганским данным 100— 150 мирных жителей, десятки получили ранения. Госсекретарь США Хиллари Клинтон сообщила, что США «глубоко сожалеют о случившемся». В докладе, составленном по результатам американского расследования, утверждается, что в ходе боя 4 мая погибли 60—65 талибов и по крайней мере 20—30 гражданских лиц; также отмечается, что боевики укрывались от авиаударов в домах мирных жителей. 4 сентября 2009 года: от 50 до 90 человек погибло при атаке американским самолётом угнанных талибами бензовозов в районе Чар-Дара в провинции Кундуз. По оценке местного губернатора, погибло 72 человека, из которых около 30 являются талибами. Февраль 2010 — Американское военное командование признало факт ошибочного убийства 23 мирных жителей в афганской провинции Урузган. 22.02.2012 — оккупационные власти сожгли коран и растреляли девять протестантов. 13 ранено.

Предпринимаемые талибами террористические атаки и неразборчивое минирование транспортных маршрутов также приводят к случаям массовой гибели мирного населения:

25 августа 2009 года: не менее 41 человека погибло и свыше 60 были ранены в результате подрыва нескольких заминированных грузовиков в Кандагаре. 29 сентября 2009 года: 30 человек погибло при подрыве автобуса на фугасе, заложенном у дороги в провинции Кандагар. В числе погибших — 10 детей и 7 женщин.

В целом статистика за 2008—2011 годы показывает, что наибольшее число мирных жителей (от двух третей до трёх четвертей от общего количества жертв) погибает в результате действий талибов и других повстанческих группировок, ведущих борьбу против сил НАТО и афганского правительства. За 2008 год (по данным Ассошиэйтед Пресс) в результате боевых действий погибли около 1140 мирных афганцев, из них 370 человек (32 %) были убиты международными силами и 770 (68 %) — боевиками Талибана и других вооружённых группировок. За первые десять месяцев 2009 года погибло 2038 мирных афганцев (по данным ООН), в том числе 1404 (69 %) убиты боевиками различных вооружённых группировок, 468 (23 %) убиты силами НАТО и правительственной армией, ещё 166 (8 %) убиты «прочими участниками» боевых действий. В 2010 году, согласно данным ООН, 75 % всех погибших или раненных мирных афганцев стали жертвами насилия со стороны антиправительственных группировок. Невзирая на неоднократные обещания Талибана избегать жертв среди мирного населения, в 2011 году эта цифра увеличилась и достигла 77 %.

В оккупационном корпусе США известны также отдельные случаи убийства мирных жителей с целью развлечения (речь идет о взводе сержанта Кэлвина Гиббса)

28 мая 2011 года авиация НАТО убила в провинции Гильменд 16 мирных жителей, в числе которых были 12 детей и четыре женщины.

Всего (на июнь 2011 года) потери гражданских лиц по версии «Independent» составили от 14 до 34 тысяч жизней.

Amnesty International в своём докладе (2012 г.) по Афганистану констатирует: 500 тысяч афганцев, бежавшие из родных домов, спасаясь от войны, брошены и правительством и международным сообществом на произвол судьбы.

Жертвы среди соседних стран

Правительство США ведёт войну не только на территории Афганистана - но и в соседнем Пакистане. Там часто бывают налёты беспилотных бомбардировщиков, которые убивают как цивилистов так и пакистанских военных. Правительство Великобритании борется с протестами против убийств пакистанцев. С территории Афганистана также производится разведка беспилотными самолётами территории Ирана в целях подготовки новой войны.